Буньян был поборником религиозной свободы и свободы совести в духовных вопросах.
Известны чьи-то слова о нём: «Благодать Божья увеличилась на нём, и обильное духовное помазание было на нём; однако этот величайший святой был в своих собственных глазах греховнейшим из всех грешников и беднейшим из всех святых».