В фундаментальной работе «Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович» Н. Ф. Каптерев оспаривал выводы целого поколения исследователей, во главе с Н. И. Субботиным, которые стремились к идеализации роли Никона. Ученый отметил значение кружка протопопов-«боголюбцев», которые во главе с Иваном Нероновым задолго до Никона начали движение внутреннего церковного возрождения, и показал ужасные последствия Никоновских необдуманных действий.
Помимо этого он был первым историком, который подверг сомнению теорию «испорченности» или неправильности старорусского обряда. Он убедительно показал, что в русской церкви до середины XVII века был употребим обряд, существовавший в Византии до XII–XIII веков и сохранивший ряд черт ранних древневизантийских обрядов, в том числе и двуперстие. Книга отличается широтой источниковой базы, которая делает выводы ученого доказательными.
