25 марта 1839 г. в Одессе, по ходатайству Новороссийского и Бессарабского генерал-губернатора, графа М.С. Воронцова, было создано одно из первых в России научных исторических обществ — Общество истории и древностей. Его организаторами были: попечитель Одесского учебного округа Дмитрий Максимович Княжевич, Александр Скарлатович Стурдза, Андрей Яковлевич Фабр, Михаил Михайлович Кирьяков, профессор Ришельевского лицея Николай Никифорович Мурзакевич и др. Почетным президентом общества стал М.С. Воронцов, президентом — Д.М. Княжевич.
Членами Одесского общества истории и древностей были видные ученые, чьи труды явились важным вкладом в отечественную науку. Со времени основания Новороссийского (Одесского) университета (1865 г.) возросла роль Одессы как центра археологической науки на юге России. Ученые университета Ф.К. Брун, В.Н. Юргевич, Н.И. Кондаков, П.В. Беккер, А.И. Маркевич, Ф.И. Успенский, Э.Р. Штерн и другие принимали деятельное участие в работе общества и содействовали развитию музея.
За время деятельности Одесского общества был накоплен огромный материал по археологии Северного Причерноморья, что способствовало широкой известности музея не только в России, но и за рубежом. Было издано 33 тома «Записок Одесского общества истории и древностей» (выходили с 1844 г. по 1919 г.) , в которых печатались статьи по археологии и истории, публиковались документы и археологические памятники, освещались результаты полевых исследований. В приложениях к каждому тому публиковались протоколы заседаний общества, содержащие важные сведения о характере поступавших в музей коллекций и отдельных находок. Кроме «Записок» общество издало три выпуска каталога античных терракот музея и керамики из Феодосии, описание восточных монет, старинных планов и карт, хранившихся в музее.
