Сафуанов Ф.С. занимается вопросами методологии юридической психологии, проблемой комплексных судебных психолого-психиатрических исследований в уголовном и гражданском процессах, проблемой компетентностного подхода при подготовке специалистов в области судебно-психологической экспертизы, проблемой соотношения гетеро- и аутоагрессии, проблемой процессуальных и непроцессуальных форм использования психологических знаний в судопроизводстве, проблемой психологического обеспечения следственных действий, проблемой формирования правосознания.